Se inicia con la cultura Machalilla, misma que fue creciendo, ocupando territorios de la provincia de Manabí, y parte de las provincias vecinas de Santa Elena con importantes contactos con la región interandina, para luego evolucionar en la cultura Chorrera, Manteña y otras más que habitaron la zona, se convirtió en una urbe extensa, con plataforma, terrazas, y, albarradas grandes y pequeñas extendiéndose hasta los frailes. (Ayón Villafuerte, Pibaque Pionce, & Barcia Pincay, 2020) este fue su apogeo antes de la llegada de los Incas y españoles que conquistaron el territorio he implementaron sus creencias y costumbres en los pobladores en la misma medida que hubo mayor intercambio comercial y cultural.

Hitos en el tiempo

• El 20 de marzo de 1878 se crea a Puerto Machalilla perteneciendo para ese entonces al cantón Jipijapa en ese tiempo se documentó el registro de los primeros pobladores legalmente establecidos Don Melchor Baque y Juan Tumbaco, quienes vinieron de Jipijapa para vivir en el territorio.

• El Puerto de Machalilla fue importante para el comercio marítimo del Ecuador al ser de aguas profundas permitía la llegada de grandes buques principalmente europeos. Entre los productos que se exportaban principalmente están: la tagua, el café y el cacao, la mayoría del trabajo fue hecho por los pobladores jornadas activas de sol a sol, y aún a la luz de la luna (Ramírez Velázquez, 2007)

• Para el año 1892 se nombra al primer teniente Político, el señor Juan Antonio Gómez, el mismo año sus habitantes iniciaron la construcción del templo con la colaboración del Ilustrísimo Obispo Pedro Sumaker. (Ayón Villafuerte, Pibaque Pionce, & Barcia Pincay, 2020)

• Para el año de 1930 se creó la aduana de la Parroquia, lo que permitió la legalización del flujo de mercaderías por el puerto.

• En 1950 se instauraron las primeras fiestas patronales de San Pedro y San Pablo.

• En 1979, se crea lo que hoy se conoce con el nombre de Parque Nacional Machalilla, quedando gran parte de la Parroquia dentro de la Jurisdicción del mismo.

• En 1994 se creó el cantón Puerto López, y Machalilla pasó a integrar esta nueva Jurisdicción.

• En el año 2007 las fiestas patronales de los Santos Apóstoles San Pedro y San Pablo se declaran Patrimonio Cultural e Inmaterial del Estado Ecuatoriano.